Marjan Senegačnik je leta 1986 diplomiral na Oddelku za kemijo in kemijsko tehnologijo FNT Univerze v Ljubljani z diplomskim delom s področja biokemije. Leta 1990 je na istem oddelku magistriral s temo iz področja biofizikalne kemije. Leta 1997 je na Fakulteti za kemijo in kemijsko tehnologijo Univerze v Ljubljani doktoriral z doktorsko dizertacijo z naslovom »Lastna asociacija holesterola in njegove interakcije z akceptorji protonov v aprotičnih topilih. Od leta 1986 do 1990 je bil kot asistent in nato mladi raziskovalec zaposlen na Oddelku za kemijo in kemijsko tehnologijo FNT Univerze v Ljubljani. Od leta 1990 do 1993 pa je bil nato kot mladi raziskovalec zaposlen na Odseku za fizikalno kemijo in kemijo okolja na Inštitutu Jožef Stefan. Od leta 1996 pa je zaposlen na Fakulteti za organizacijske vede Univerze v Mariboru.